La rémunération des agents publics en arrêt maladie

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À la demande de la commission des finances de l’Assemblée nationale, la Cour des comptes a enquêté sur la rémunération des agents publics en arrêt maladie.


Les arrêts de travail des agents de la fonction publique connaissent depuis plusieurs années une nette tendance à la hausse – le nombre moyen de jours par agents a augmenté de 21 % en seulement cinq ans, entre 2014 et 2019. Si cette augmentation touche les trois versants de la fonction publique, les fonctions publiques territoriales et hospitalières sont davantage concernées. Ces arrêts fréquents ont des conséquences négatives à la fois sur le fonctionnement, l’efficacité, l’image et les coûts du service public.

Se basant sur deux types de sources, la Cour a calculé que le total des arrêts maladie correspondait à l’activité annuelle de 240 000 à 250 000 agents publics, représentant des rémunérations brutes chargées comprises entre 11 et 12 milliards d’euros. Toutes les données n’étant pas disponibles, il s’agit d’une estimation : la Cour a effectué ses calculs sur l’hypothèse conventionnelle d’un maintien intégral de la totalité du salaire de l’agent malade, ce qui n’est pas toujours le cas en pratique.

Cette estimation, probablement supérieure aux montants effectifs est à rapporter à la masse salariale publique – soit 304 milliards d’euros en 2020. En revanche, les calculs mentionnés n’intègrent pas le coût des remplacements des agents malades, la Cour ne disposant de cette donnée que pour certaines administrations, ainsi l’éducation nationale où le budget annuel consacré aux remplacements est de 2 milliards d’euros.

En ce qui concerne le jour de carence, si la Cour fait le constat qu’il contribue à maitriser les arrêts de courte durée, elle préconise plusieurs actions complémentaires : des mesures de prévention pour éviter la diffusion des maladies sur le lieu de travail ; la prise en compte des « petits » arrêts dans la modulation du régime indemnitaire des agents ; enfin un renforcement des systèmes de contrôle des agents en arrêt maladie. La Cour des comptes fait également le constat de la complexité et de la fragmentation du système de gestion des arrêts maladie. L’administration des arrêts maladie souffre d’une quasi absence de dématérialisation des pièces justificatives et des flux de données. Par ailleurs, si la diversité des règles est en partie justifiée par la pluralité des statuts et des situations au sein de la fonction publique, la Cour recommande de mettre en place des indicateurs harmonisés et centralisés qui aujourd’hui font défaut.

Le rapport comprend enfin des éléments d’appréciation sur les dispositifs inédits et pragmatiques mis en place en urgence dans le cadre de la crise sanitaire et expose les premiers enseignements qui peuvent en être tirés.

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